二代测序NGS名词解析

常春藤2027

肿瘤精准治疗时代的到来，常规的病理学诊断方法已无法满足临床需求, 国内外多项指南和共识均认可基于二代测序（ NGS）全面分子检测对于指导临床治疗的价值, 全面而准确的肿瘤基因诊断结果已成为临床诊疗的刚需。



下面就为大家科普一下NGS检测中常出现的名词。



1. AF / MAF / VAF（allele fraction / mutation allele fraction / variant allele fraction）：突变丰度, 或突变/变异等位基因丰度, 是指某个基因位点所有的等位基因中, 突变的等位基因所占的相对比例, 即等于突变型 / （突变型 + 野生型）。



2. CEP（chromosome enumeration probe）：染色体计数探针, 能够与位于着丝粒区域高度重复的alpha卫星序列结合, 用于检测染色体的数目异常。



3. CHIP（clonal hematopoiesis of indeterminate potential）：意义未明克隆性造血, 是一种普遍的与老化相关的现象, 造血干细胞或其他造血祖细胞形成携带一定基因特征的血细胞亚群。这些亚克隆所携带的变异一般丰度较低, 可以通过白细胞等深度测序对照及生信算法（部分）进行过滤。


4. CNV（copy number variation）：拷贝数变异, 是基因组上部分区域的扩增或缺失。CNV是一种结构变异, 在肿瘤基因组中常见, 包括插入、缺失和重复。NGS可通过对该区域的覆盖度（测序深度）来估算CNV。



5. SNV（single-nucleotide variant）：单核苷酸变异, 是基因组上部分区域发生的点突变。SNV是肿瘤基因组变异最常见的类型。





6. MaxAF / MSAF（maximum allele fraction / maximum somatic allele frequency）：最大变异丰度, 或最大体细胞基因变异频率, 是指在组织、血浆等类型样本中, 所检出的最高的体细胞变异丰度。



7. LOD（limit of detection）：最低检测限, 是指能以适当的置信度（一般是95%）被检出的突变的最低浓度。




8. LOH（loss of heterozygosity）：杂合性缺失, 是一种使某特定基因丢失的基因组变化。如果一个特定位点的等位基因一侧正常、一侧有突变, 某种原因导致的正常等位基因缺失或突变会产生没有正常功能的基因座。



9. TBx（tissue/tumor biopsy）：组织活检或肿瘤组织活检, 是采集组织并对组织进行检查和分析。




10. LBx（liquid biopsy）：液体活检, 是指对非固体生物样本（主要是血液）的采样和分析。液体活检和组织活检一样, 主要用于癌症等疾病的诊断和监测, 与组织活检相比具有无创, 能动态检测等优点。



11. cfDNA（circulating free DNA）：循环游离DNA, 是细胞凋亡或者坏死后降解和释放到外周血的游离DNA。



12. ctDNA（circulating tumor DNA）：循环肿瘤DNA, 是外周血中携带一定肿瘤特征（如SNV、插入/缺失突变、重排、CNV等）, 来自肿瘤基因组的DNA片段。主要来源有凋亡或坏死的肿瘤细胞、循环肿瘤细胞（circulating tumor cell, CTC）以及肿瘤细胞分泌的外泌体。



13. HRD（homologous recombination deficiency）：同源重组修复缺陷, 通常指细胞水平上的同源重组修复（homologous recombination repair, HRR）功能障碍状态, HRD可由HRR相关基因突变以及表观遗传失活等诸多因素导致。



14. TMB（tumor mutational burden）：肿瘤突变负荷, 是指肿瘤基因组编码区每百万碱基中的体细胞非同义突变个数。理论上TMB越高, 可能被T淋巴细胞识别的新抗原越多, 免疫检查点抑制剂疗效可能越好。



15. MMR（mismatch repair）：错配修复。DNA错配修复是指在含有错配碱基的DNA分子中, 使核苷酸序列恢复正常的一种修复方式。




16. MRD（minimal/molecular/measurable residual disease）：微小残留病灶, 分子残留病灶或可测量残留病灶。其概念源于白血病在诱导化疗达到完全缓解（或骨髓移植治疗）后, 在患者体内依然残留着痕量白血病细胞的状态。在实体瘤的应用中, 泛指在根治性治疗（如手术切除）后, 传统影像学或实验室方法不能发现病灶, 但通过液态活检技术可检出癌细胞来源分子的情况。


17. MSI（microsatellite instability）：微卫星不稳定性。微卫星是指细胞基因组中以少数几个核苷酸（多为1~6个）为单位串联重复的DNA序列。DNA错配修复（MMR）功能出现异常时, 微卫星出现的复制错误得不到纠正并不断累积, 使得微卫星序列长度或碱基组成发生改变, 称为微卫星不稳定性。






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泽诺

好文，不过没有高中生物和本科生物的遗传学基础，恐怕很难看懂。

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限量版1

谢谢

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